十月初，福全所派侍郎等人传信给噶尔丹，逾月未归，他估计噶尔丹早已出边逃循，且当时军中粮草不足，只能维持几天，鉴于此，便自作主张，下令回师。部队归至康熙帝军中，康熙帝对福全不请示就自行撤回十分不满，决定先回京再议罪。康熙帝先行回京，福全等留后。福全又将侦察噶尔丹行踪的情报送交康熙帝过目，叛敌确实出边，也-一认了罪。康熙帝当即命福全还师京城。十一月福全至京，队伍止于朝阳门外。康熙帝指责福全不遵从命令，自行其事，还让皇长子胤禔出面作证。福全没有争辩，他流着泪说："我复何言！"全部领了罪。王大臣等共议福全的错误，应夺去爵位，康熙帝考虑到福全击败厄鲁特的功绩，没有夺去他的爵位，改以罚俸三年，撤三佐领，还取消了议政权。
噶尔丹败逃后，派人到莫斯科向沙皇提议缔结同盟。但沙俄当时无力出兵参战，只是派人到噶尔丹那里进行阴谋活动。康熙三十三年（1694年），噶尔丹再次要求清朝把当年被他打败后投奔清朝的土谢涂汗等人送交给他处置，并煽动内蒙古诸部背叛清朝；第二年又率兵侵入巴颜乌兰大肆抢掠。康熙三十五年，康熙帝又挂帅亲征，福全亦随上迎敌，也一次彻底击败了噶尔丹。第二年，康熙帝第三次亲征到宁夏，追歼残敌，噶尔丹在众叛亲离、走投无路的情况下服毒自杀，时年五十四岁；部下将他的尸首送交清军，投降清朝。
康熙四十二年福全生病，康熙帝亲临其府内看视。后来康熙帝出巡塞外，得知福全病重，特命随行诸皇子策骑还京看视。六月二十四日福全病故，终年五十岁。康熙帝赶回京都，亲自祭奠；出殡时又亲往福全王府，恸哭不止。命御史罗占在黄花山为福全监造坟莹、建碑，规定除常年祭祀外，另有加祭。
福全自幼与康熙帝共同孝敬祖母孝庄文皇后，每次陪同祖母出游时，这兄弟二人总是前引后扈，祖母病重时他俩又精心护理，直至孝庄文皇后奉安，弟兄之间结下了深厚的情谊。福全死后，康熙帝特命画工精绘一张像，为康熙帝与福全并坐于桐荫之下，示手足同老之意。康熙帝以此来寄以衷肠，表示了对福全的思念之情。
清史记载
裕宪亲王福全，世祖第二子。幼时，世祖问志，对：“愿为贤王。”世祖异之。康熙六年，封，命与议政。
十一年十二月，疏辞，允之。 [4]
二十二年，上奉太皇太后幸五台，先行视道路，命福全扈太皇太后行。次长城岭，上以岭险不可陟，命福全奉太皇太后先还。
二十七年，太皇太后崩。既绎祭，谕曰：“裕亲王自太皇太后违豫，与朕同处，殊劳苦。”命皇长子及领侍卫大臣送王归第。
二十九年七月，噶尔丹深入乌朱穆秦，命为抚远大将军，皇长子爱新觉罗·允禔副之，出古北口；而以恭亲王爱新觉罗·常宁为安北大将军，出喜峰口。福全请发大同绿旗兵往杀虎口听调遣，上令发大同镇标马兵六百、步兵一千四百从征，兼命理藩院自阿喇尼设站处量发附近蒙古兵尾大军置驿。福全又请凡谍报皆下军中，上从之。
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